基础医学部成立于2018年6月，现设解剖生理教研室、病理教研室、生物医学研究所和基础医学实训中心，拥有一批具备先进水平的实训教学、医学研究平台。

基础医学部以师资力量雄厚、治学严谨著称，现有专兼职教师36人，其中高级职称19人。部门拥有一批优秀人才，包括国家二级学会主任委员，江苏省“333高层次人才培养工程”资助对象，江苏高校“青蓝工程”优秀教学团队负责人、中青年学术带头人培养对象、优秀青年骨干教师培养对象，江苏省教学名师，淮安市有突出贡献的中青年专家，淮安市首届青年科技奖十大科技之星。

基础医学部主要承担全校各专业人体解剖组织学、人体生理学、病理学、临床疾病概要等多门医学基础课程的理论与实践教学，每年完成7000余人次的20余门课程教学任务。部门获国家教学成果奖二等奖1项，省市级教学竞赛获奖40余项，现有省级精品在线开放课程2门，校级精品在线开放课程6门，主编教材10余部。

生物医学研究所专门从事生物医学基础性及转化医学研究。在已有的淮安市消化道肿瘤重点实验室基础上，搭建了医药生物技术研究所基础医学研究平台，重点研究肿瘤发生及转移的分子机制，在此基础上开发新抗肿瘤靶点药物。获批各级各类项目总资助资金达150余万元，包括2项国家自然科学基金面上项目，1项江苏省自然科学基金，1项江苏省卫生厅高层次人才六个一工程拔尖项目。

基础医学实验中心占地面积4000平米，仪器设备价值1000余万元。其中人体生命科学普及纸飞机网站app软件基地建成于2016年，2018年被评为淮安市科普基地，2023年成功获评“江苏省社科普及基地”，是集教学、科研和社会服务于一体的宣传纸飞机网站app软件场所和生命科技活动中心。